Katedra jihoslovanských a balkanistických studií vznikla 1. února 2011 rozdělením Ústavu slavistických a východoevropských studií. Do její gesce spadá výuka bakalářského a navazujícího magisterského oboru Jihovýchodoevropská studia a dobíhající magisterské studium oborů Slavistická studia se specializací bulharistika, kroatistika, makedonistika, slavistika všeobecná a srovnávací, serbistika, slovenistika.

Od 1. července 2011 bylo ke Katedře jihoslovanských a balkanistických studií připojeno oddělení rumunistiky, které dosud tvořilo součást Ústavu románských studií.

Od akademického roku 2011/12 lze v rámci bakalářského oboru Jihovýchodoevropská studia kromě dosavadních profilových jazyků bulharština, chorvatština, srbština, slovinština studovat jako profilový jazyk A také RUMUNŠTINU a ALBÁNŠTINU.

Program Jihovýchodoevropská studia je koncipován jako areálové studium ve kterém se přednáší o jazycích, literaturách a kulturách tohoto regionu. Lze jej studovat v šesti jazykových specializacích: albánštině, srbštině, slovinštině, bulharštině, chorvatštině a rumunštině.

Od roku 2015 je v programu JVE studia silněji akcentováno filologické zaměření. V bakalářském programu student studuje jak jazyk specializace, tak literaturu dané specializace, přičemž zůstávají zachovány některé „areálové“ přednášky o literatuře.

Od 1. 9. 2016 se v rámci malých změn došlo k reakreditaci studijního programu, tato změna platí od tohoto data pro všechny nové studenty, ve kterém dochází k následující změně. V bakalářském studiu student volí jednu specializaci a v rámci této studuje jazyk, literaturu a dějiny specializace.