Katedra jihoslovanských a balkanistických studií zajišťuje studium bc. a NMgr. oborů Jihovýchodoevropská studia, a to v šesti specializacích: albánština, bulharština, chorvatština, rumunština, srbština a slovinština.  Studovat lze jednooborově nebo dvouoborově.

V případě albánštiny a  rumunštiny jde o jedinou možnost studovat tyto obory v České republice.

Katedra dále nabízí možnost pokračování studia na Ph.D. oborech Slovanské filologie a Slovanské literatury.