Katedra jihoslovanských a balkanistických studií vznikla 1. února 2011. Ve vědecké i pedagogické činnosti navazuje na dědictví a tradice Katedry slavistiky a Ústavu slavistických a východoevropských studií (Semináře jihovýchodoevropských studií). Vzhledem ke kombinaci filologického zaměření s prvky areálového studia a také vzhledem k počtu vyučovaných jazyků (albánština, bulharština, chorvatština, rumunština, slovinština, srbština) je vědecký profil KJBS nutně velmi široký a různorodý.