Studium doktorského oboru Slovanské filologie se zaměřuje jednak konkrétně na jednotlivé slovanské filologie a jednak obecně na srovnávací slovanskou jazykovědu v synchronním či diachronním pohledu. Zahrnuje širší slavistický a obecně lingvistický (metodologický) základ. Vyžaduje zaměření doktorských projektů primárně na jeden z národních slovanských jazyků – bulharštinu, chorvatštinu, lužickou srbštinu, makedonštinu, polštinu, ruštinu, slovenštinu, slovinštinu, srbštinu, ukrajinštinu – nebo na paleoslavistiku či srovnávací nebo porovnávací slovanskou jazykovědu. Doktorandské projekty staví na výrazném areálovém, komparativním či typologickém pojetí se širším záběrem kulturně-historickým a sociálně-politickým. Srovnávací pohled je metodologickým základem všech doktorských projektů, za klíčový je považován kontext český. Stěžejním profilem oboru je sociolingvistika, a to v souladu se zaměřením vědeckého bádání učitelů, již se podílejí na studijním oboru slovanské filologie. Obor je akreditován v češtině, ačkoli se ve výuce uplatňují všechny slovanské jazyky.

Cílem doktorského studia v oboru Slovanské filologie je výchova mladých slavistů jako nezbytný předpoklad především pro vědecký rozvoj slavistiky jako vědního oboru v jeho jazykovědné a filologické části a jako studijních programů terciárního vzdělávání. Vzhledem k Univerzitě Karlově je pak cílem doktorského studia i podpora pevného personálního základu pro vývoj kvalitního centra pro studium slavistiky a baltistiky v České republice.